Los proyectos de investigación que se realizan en la Universidad Autónoma de Aguascalientes están integrados en dieciocho programas.

En promedio por semestre están en proceso alrededor de 150 proyectos. De acuerdo a lo establecido en el Reglamento de Investigación, existe un procedimiento definido para la presentación, aprobación y seguimiento de cada proyecto. La retroalimentación y evaluación de los diferentes proyectos es llevada a cabo por comités técnicos que cuentan con la participación de evaluadores externos de alto nivel académico.

Por lo que se refiere al financiamiento de la investigación, la UAA tiene un sistema de presupuestación interna que otorga la cantidad de dinero necesaria para la iniciación de un proyecto. Cuando se trata de proyectos de gran envergadura, los investigadores deben gestionar apoyos financieros externos. Entre los organismos que han otorgado apoyos monetarios a diversos proyectos de investigación de la UAA se encuentran: el Programa de Mejoramiento del Profesorado (PROMEP) de la SEP, el Consejo de Ciencia y Tecnología (CONACYT) a través de sus diferentes fondos y convocatorias, (el Consejo de Ciencia y Tecnología del Estado de Aguascalientes CONCYTEA), el Gobierno del Estado por medio de diversas dependencias, la Fundación Produce AC., los Municipios del Estado y diferentes organizaciones del Sector Empresarial, Fundaciones Internacionales entre otros.

El desarrollo de investigación en la UAA ha permitido ofrecer una docencia más actualizada, fortalecer la infraestructura de apoyo a la docencia de pregrado y posgrado; dar servicios externos como asesorías, consultorías, cursos de capacitación y de actualización, elaboración de diagnósticos y el desarrollo de proyectos para la solución de problemas concretos.

Asimismo, gracias a los resultados alcanzados, profesores investigadores de la UAA han sido galardonados por diferentes instituciones como el Centro de Investigación y Estudios Avanzados (CINVESTAV), la Asociación Nacional de Universidades e Instituciones de Educación Superior (ANUIES), la Secretaria de Medio Ambiente y Recursos Naturales (SEMARNAT) y el Instituto Nacional de Antropología e Historia (INAH).